公司现有员工3763名。这支风正心齐、团结奋进，特别能够吃苦、特别能战斗、特别讲奉献的干部职工队伍是公司最宝贵的财富。公司拥有一批技术精湛的飞行人员，对高原特殊机场的起飞降落有着十分丰富的经验，当中有一大批安全飞行两万多小时的“功勋飞行员”和安全飞行一万多小时并荣获“安全飞行奖”的飞行员。公司有一支由汉、彝、白、纳西、傣、回等多个民族组成的，敬业爱岗、形象良好、训练有素的乘务队伍，在工作中以规范服务和特色服务赢得了中外旅客的广泛赞誉。公司还拥有一支保障有力的机务队伍和敬业奉献的客货营销队伍，多年来为公司的飞行安全和经济效益做出了不可磨灭的贡献。公司飞机维修基地现已拥有先进大型飞机维修机库和配套齐全的航材库，可进行波音各主要机型的多级别定期检查，并能够独立完成公司所有飞机的机体、发动机等大项目维修任务。继顺利完成B2538号飞机12年防腐暨8C检工作、737-300型飞机驾驶舱门改装以及为东航武汉公司B2572号飞机4C检工作之后，维修基地还在2004年圆满完成了公司首次1D检工作。

公司始终坚持“安全第一、预防为主”的方针和“以人为本、客户至上、诚信服务”的宗旨，在安全工作上强调“精、细、严、实”作风，在服务上坚持以“让旅客货主满意”为优质服务最根本的衡量标准，打造了良好的安全文化和服务品牌。经过公司历届领导班子和全体干部职工的共同努力，公司精神文明建设也取得了可喜成绩。公司客舱服务部“金孔雀”乘务组、“云莺”乘务组、市场营销部昆明中心售票处等单位被共青团中央授予“全国青年文明号”荣誉称号；“金孔雀”乘务组还获得全国“五一”劳动奖状和“全国民航先进集体”，飞行部“凌云”机组也荣获“全国民航先进集体”称号；市场营销部昆明中心售票处被中央文明委授予“全国创建文明行业先进单位”荣誉称号；运行控制部、飞行部被光荣评为“安康杯”竞赛民航优胜单位；飞机维修基地荣获“全国民航机务维修先进集体”称号；公司金孔雀艺术团多次在全国、全民航的文艺汇演中荣获金奖；飞行部“凌云”机组、飞机维修基地定检修理部、货运部国际业务部等三个单位被团省委授予“云南省青年文明号”荣誉称号；市场营销部中心售票处连年获得“云南省文明单位”称号；飞行部、市场营销部被评为首届东航集团文明单位；公司也被云南省用户满意工程创建活动领导小组授予“诚信单位”，并在99世博会航空运输保障工作中以高效率、高质量、高水准的航空运输保障工作获得云南省委、省政府授予的“特别贡献奖”，更荣获了民航总局颁发的“航空安全金雁杯”等多项殊荣。此外在公司的改革发展和精神文明创建过程中，还涌现出了一批国家级、省部级劳动模范、服务明星和先进工作者。此外，公司昆明—上海MU4541/2航班、昆明—北京MU4121/2航班被民航总局命名为文明航班；昆明—北京MU4183/4航班、昆明—广州MU4341/2航班也被西南管理局命名为文明航班。

作为云南省的基地航空公司，东航云南分公司长期以来得到了云南社会各界的关心和支持，一直是云南各族人民出行商务和旅游的首选航空公司。东航云南分公司自成立之日起，就始终以服务人民、贡献社会为宗旨，坚持“人民航空为人民”，以服从服务于云南地方经济建设为己任，在谋求自身发展的同时，始终把国家利益、人民利益、社会责任放在第一位。联合重组后，东航云南分公司的名称和隶属关系变了，但服从服务于云南省建设“绿色经济强省”、“民族文化大省”和中国“连接东南亚、南亚国际大通道”的发展战略，促进地方经济发展和社会进步的宗旨没有变，东航云南分公司仍然是云南人自己的航空公司，仍将一如既往地为云南经济建设的腾飞和各族人民的团结进步，为云南人民全面建设小康社会做出积极的贡献。